Expulsé de Palestine par les Britanniques en 1937, il se retrouve finalement à Berlin en 1941 après avoir vécu successivement au Liban, en Irak et en Italie. Accueilli par le 3e Reich avec tous les honneurs et les privilèges réservés à un homme d’Etat, Husseini est reçu par Hitler le 28 novembre 1941 à Berlin. Durant cette rencontre, le leader palestinien exprime toute son admiration pour le régime nazi et cherche surtout à obtenir d’Hitler un soutien appuyé et actif à l’indépendance arabe face à la Grande-Bretagne. Le Führer ne lui donne pas de garantie précise, mais lui fait des promesses explicites concernant le sort des Juifs au Proche-Orient lorsque les armées allemandes parviendraient à la « Porte Sud du Caucase » : « Je donnerais au monde arabe l’assurance que l’heure de sa libération avait sonné. L’objectif de l’Allemagne serait uniquement la destruction des éléments juifs résidant dans l’espace arabe sous la protection de la puissance britannique ». Ce qui signifie qu’Hitler souhaite étendre l’extermination des Juifs au Proche-Orient.
Si au sein du monde arabe, ils sont nombreux à présenter ce rapprochement avec l’Allemagne comme un calcul tactique lui permettant de se débarrasser des Britanniques, une grande majorité d’historiens estiment qu’il est l’expression d’une véritable affinité idéologique d’Husseini pour le nazisme qu’il a cherché à nier après la Seconde Guerre mondiale.
Pour Jeffrey Herf, historien américain spécialiste de l’Allemagne et auteur du livre Hitler, la propagande et le monde arabe (éd. Calmann-Lévy, 2012), « l’une des contributions caractéristiques d’Husseini à la diffusion de l’antisémitisme européen dans les sociétés arabes et islamiques réside dans sa capacité à associer l’idéologie nazie, sa lecture du Coran et des traditions islamiques et le langage laïc de l’anticolonialisme ».
Quant à savoir si Husseini a exercé une influence sur la décision d’exterminer les Juifs, il est généralement admis qu’il n’a cessé d’exhorter Hitler à le faire, même s’il ne possédait aucun pouvoir décisionnel. Il n’empêche qu’Husseini suivait de près cette question qui lui tenait à cœur. Wolfgang Schwanitz, historien allemand spécialiste des relations entre l’Allemagne et le monde arabe souligne que « dans ses mémoires écrites à Damas, le Grand Mufti a admis avoir conseillé Hitler et d’autres dirigeants nazis et avoir été parfaitement informé du meurtre de masse en cours ».
